简-福斯特以及达西目睹索尔被传送到地球，达西将当时不明就里且胡言乱语的索尔电晕并带回。
—在引起众人围观后，Mj?lnir被神盾局发现并控制。科尔森负责此项工作，鹰眼和西德维尔特工被派遣协助他。
—科尔森找到了简，并将她的研究成果全部没收。在之后简、塞尔维格以及达西的闲聊中，赛尔韦格向简透露自己认识班纳博士。
—索尔深夜闯入神盾局营地抢夺雷神之锤，鹰眼出动，但最后并未出手。
—然而，索尔并未举起锤子，随后他遭到神盾局逮捕与审讯。
—洛基设计欺骗索尔，让他相信自己应该被放逐。同时，洛基联络冰霜巨人进攻Aagard，并派遣Destroyer前往地球杀死索尔。
—为了众饶性命，索尔不惜自我牺牲，但却也因此重新获得了力量以及雷神之锤。
—离开地球前，科尔森见到了索尔。后者要求科尔森将简的设备全数归还，并答应愿意成为神盾局的盟友。
—回到Asgard的索尔获悉了洛基的阴谋。他将其打败后用雷神之锤摧毁了彩虹桥，阻挡了冰霜巨饶进攻。洛基跌入宇宙深渊。
—赛尔韦格教授被Fury邀请，开始着手研究宇宙魔方。同时，洛基也目睹了这一牵
—2011年，美国队长被找到，随后在纽约苏醒。Fury告诉他，他已经沉睡了70年。
—洛基从灭霸那里得到了心灵权杖（后者希望得到宇宙魔方），并从Chitauri那里得到了一支军队。
—洛基入侵赛尔维格博士研究宇宙立方的基地，并用心灵权杖控制了博士与巴顿，顺利夺走宇宙魔方。Fury告知手下战争已经开始。
—洛基在自己的基地开始研究宇宙魔方。
—Coulson紧急召回在俄罗斯执行任务的黑寡妇，并让她前去将班纳博士带回基地。
—Fury正式通知美国队长需要行动，之后将他带上飞船。同时，黑寡妇也成功服班纳。
—洛基设计故意被抓，之后与巴顿里应外合使得复仇者联盟大乱。
—科尔森想要阻止洛基，结果被杀。随后被Fury送去接受ProjectTahitti，重新拯救了他的生命。当时使用了克里饶细胞组织（克里人曾经来到过地球）。也因此，Coulson在复活之后开始控制不住自己一直画一幅图。
—Coulson的死亡使得众人放下了矛盾与争执，联手对抗洛基。随后双方在纽约大战，Chitauri大军入侵地球，复仇者联盟集体应担
－复仇者联盟战况不利，安全理事会最终下令发射函，托尼拼死将函送出地球。黑寡妇用心灵权杖关闭了Chitauri进入地球的通道。（Malick家族的内容会在之后补充）
—Thor将宇宙魔方和洛基一起带回Asgard。
—纽约大战后的托尼精神始终处于高度紧张的状态，几乎无法离开战甲生活。
—2013年，研究大有所成的Killian带领他的团队开始资助十戒帮并伪造出超级恐怖分子满大人，利用他制造了大量恐怖事件与恐怖袭击。
—连续不断的恐怖袭击后，托尼公布了自己的住址并向满大人宣战，基连的团队将托尼住宅夷为平地。辣椒依靠战甲保护玛雅汉森离开，托尼依靠Mark42死战逃脱。
—汉森把辣椒交给了Killian，后者开始并对她进行绝境改造。
—美国总统忍无可忍派出钢铁爱国者（战争机器）抓捕满大人，结果被Killian设计将他抓获。
—潜入满大人所在地的托尼发现了满大饶真相，但被Killian的手下囚禁。汉森良心发现希望释放托尼，被Killian杀害。
—Killian手下利用战甲欺骗了美国总统，并将其绑架。
—Mark42前来营救托尼，并顺利将罗德一并救出。
—托尼与罗德潜入Killian基地营救辣椒与美国总统（Killian正打算全美直播杀害总统）。托尼召唤出全体钢铁侠战甲抗担
—罗德顺利救下美国总统，重新获得战甲并带总统离开。
—托尼与钢铁侠军团力战Killian，最后在辣椒的帮助下消灭Killian。同时，托尼引爆了所有的战甲，为辣椒庆祝圣诞节。
—托尼用手术去除了辣椒体内的绝境病毒，同时也对自己进行了手术。之后的托尼不再需要反应堆维持自己的生命。
—托尼将这一段经历讲述给了班纳博士。
—2013年，在Fury的授意下，梅与希尔帮助复活的科尔森组建了一只特别队伍，其中包括了新晋七级特工沃德，五级特工西蒙斯与菲兹。梅按照Fury的指示，定期通过加密线路想她汇报科尔森的情况。
—被加勒特以当年绝境病毒为蓝本开发出来的Deathlok战士（蜈蚣病毒）Peterson现身。此后Deathlok被加勒特的手下持续改造（但在儿子被安全救出后，Peterson攻击了加勒特并开始为神盾局效力）。
－Coulson招募Skye加入队伍。
—罪孽深重的洛基被Odin囚禁。
—在Thor，Sif以及WarriorsThree的征战下，九大宇宙在彩虹桥被破坏之后第一次恢复和平。
－2013年，以太粒子进入简的体内。同时，唤醒了沉睡中的黑暗精灵。Malekith意图夺回以太粒子，重新将宇宙带回黑暗世界的时代。
—索尔将简带回Asgard寻求治疗，以求除去她体内的以太粒子。
—在强力战士阿格姆的卧底配合下，黑暗精灵大举进攻Asgard，意图抢夺简体内的以太粒子。Odin的皇后Frigga为了保护简而牺牲。Odin丧失理智要与黑暗精灵死战。
—为了替母亲报仇，同时拯救简，雷神与洛基一起带着简前往黑暗世界。二人成功上演苦肉计，以太粒子离开了简的体内，但并未被摧毁。洛基被杀。
—雷神和简回到地球，在塞尔维格博士的帮助下找到了“九大国度”成一线的中心点，黑暗精灵也已经达到。在重力空间转换仪器的作用下，雷神与黑暗精灵大战，最终取胜。
—雷神回到Asgard接受惩罚，表示愿意放弃皇位去地球陪伴简。得到了Odin的许可。但其实Odin是洛基幻化而成。
—以太粒子被交给收藏家蒂万处保管。仙宫选择保存下宇宙魔方。
—神盾局特工前往格林威治整理索尔战斗后的残骸，并接到一起报案。
—狂暴战士（兰道夫教授）留下的手杖（一部分）被狂热宗教分子找到，他们企图找到完整的武器。被神盾局及时阻止。
—Sif为了抓捕Lorelei来到地球，在神盾局的帮助下Sif顺利完成任务。
—神盾局在不停调查千里眼以及蜈蚣计划。神盾局总部汉德，Sitell以及布莱克前往支援并了解科尔森的情况。
—在追捕千里眼过程中，布莱克受重伤被救回。Sitell接到总部的通知让他前往雷姆利亚星执行任务（其实是收到命令去研究之行Zola博士的算法）
—2014年，美国队长在跑步时结识了猎鹰。
—美国队长带领黑寡妇与朗姆罗（交叉骨）实施雷姆利亚星的营救任务，被困人质包括高级特工西德维尔。美国队长发现黑寡妇在执行自己不知道的任务（复制雷姆利亚星的行发射文件）。
—Fury告知了美国队长“洞察计划”，美国队长表示了反对。
—美国队长前去看望了卡特。
—Fury发现自己无法读融寡妇带回来的文件，意识到洞察计划有问题，于是向皮尔斯申请推迟该计划。皮尔斯表示允许。
—Fury在路上遭到皮尔斯安排的围攻，他奋战逃脱后到了美国队长的住所。皮尔斯利用此事件成功诱骗安全理事加速推进洞察计划。
—暗语交谈过程中被巴恩斯远距离枪击。美国队长追击未果，莎朗卡特袒露身份。
—美国队长被皮尔斯安排人追杀。在神盾局总部的电梯里，Rumlo带人与罗杰斯大战，结果失败。
—顺利逃脱后，美国队长与黑寡妇根据后者偷取到的情报找到了原神盾局总部，并在Zola博士的叙述中了解到了神盾局与九头蛇的真实情况。随后神盾局发射导弹轰炸了这里。
—美国队长与黑寡妇找到了猎鹰，他揭示了自己的身份并愿意支援美国队长。
—美国队长联合猎鹰与黑寡妇挟持了西德维尔并获知了关于洞察计划的秘密。挟持他之前，Sitell正在和Stern议员聊。
—美国队长等人在路上遭到九头蛇伏击，在与对手持续大战后，美国队长发现对方头号杀手居然是自己最好的朋友巴恩斯。
—美国队长三人被擒，但在押送过程中被希尔救下。
—希尔带美国队长等人前往了Fury的藏身处，并制定了作战计划。
—美国队长与鹰眼正面进攻神盾局总部，黑寡妇与Fury成功配合将皮尔斯击保
—美国队长为了阻止洞察计划，与巴基大战，最后成功放入芯片阻止了九头蛇的阴谋。但为了就巴基，美国队长从高空跌落，被巴基救回在岸边。
—与猎鹰肉搏大战的Rumlo被大火烧成重伤，但并未死亡。
—神盾局总部大战后，希尔加入斯塔克工业，莎朗卡特进入CIA。
—总部之外，神盾局的各个基地和队伍都受到了九头蛇的攻击。由高级特工冈萨雷斯带领的LLIAD也受到船上卧底九头蛇的猛烈攻击。芭比与Hartley按照Fury的指示来毁掉这艘船，但最终Mack服了她们以及冈萨雷斯。船上所有神盾局特工一起战胜了九头蛇，夺回LLIAD。该组以冈萨雷斯为核心，开始重建神盾局。
—九头蛇成员史崔克策反史密斯特工，偷到心灵权杖转移到Sokovia，开始制造武器。与此同时，他也和李斯特博士一起开始收集Inhuman。专心从事研究工作的史崔克迎来一对神奇的姐弟（女巫与快银）自愿作为史崔磕试验品。
—之前一直伪装成千里眼的加勒特被Coulson团队识破诡计，在汉德的帮助下活捉加勒特并由汉德带走关押。
—加勒特的门徒沃德杀死汉德，并协助恩师加勒特开始大肆攻占神盾局基地，抢夺各种物品。
—Coulson在军方与Fury的帮助下杀死加勒特，除去九头蛇重要一支力量。
—Fury给了Coulson一个Toolbox，并安排他担任神盾局新任局长，重建神盾局。
—重建过程中，Fury的团队补充了兰斯亨特，芭比莫尔斯以及麦克。芭比最初被安排在九头蛇进行卧底，在西蒙斯卧底被发现后，芭比将她救出。
—Coulson瞒住众人秘密和Sam见面，Sam将Fury全新的计划ThetaProtocol告知了Coulson。该项计划正是重建Fury之前的超级战舰。
－Whitehall在恢复青春后，仍然持续追查并挖掘方尖碑的秘密，巴克希是他的助手。期间他们洗脑了33号特工。
—Coulson终于明白自己一直不停画的东西是什么，他带领手下一起找到了艾提兰古城。Coulson与Whitehall正面碰撞，在Cal与Whitehall正面对峙时，Coulson将后者击保
—在古城中，Coulson的团队找到了神庙。
－Daisy，花裙子接触了泰瑞根水晶，完成了转化。
－九头蛇内部讨论Whitehall的继承者，科尔森设计让九头蛇内部自相残杀。
—由于科尔森隐瞒的秘密过多，冈萨雷斯果断出手，控制了科尔森的基地。后者在梅的帮助下逃脱。
—Skye被Gordon带回Afterlife，开始接受母亲的特训，尝试学习操控自己的超能力——振动波。
－希尔和Coulson进行了通话。Coulson告知了希尔心灵权杖的位置并表示ThetaProtocol已经准备完毕，可以让复仇者联盟出动。
－复仇者联盟集体出动，顺利剿灭史崔克，并夺回了心灵权杖（史崔克最终被奥创杀死）
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